Die Fischereiforschungsstelle in Langenargen (Bodensee) hat die aktuelle Rote Liste der gefährdeten Fische, Neunaugen und Flusskrebse Baden-Württembergs vorgelegt. Danach sind von den heimischen 53 Fisch-, drei Neunaugen- und drei Flusskrebsarten sechs verschollen, acht vom Aussterben bedroht, sechzehn stark gefährdet und fünf gefährdet. Fünf Arten sind potentiell gefährdet und stehen auf der Vorwarnliste. Eine Art konnte aufgrund unzureichender Daten nicht eingruppiert werden. 18 Arten unterliegen derzeit keinem Gefährdungsrisiko. Demnach sind landesweit 40 von 59 heimischen Arten, das sind 67,8 %, in unterschiedlichem Ausmaß beeinträchtigt. Besonders gravierend ist die Gefährdungssituation der Flusskrebse. Zwei der drei Arten sind landesweit stark gefährdet und eine ist vom Aussterben bedroht.

Eine Unterteilung der Gefährdungssituationen nach Hauptgewässersystemen ergibt, dass Fische, Neunaugen und Flusskrebse im Neckar-/Mainsystem einer höheren Gefährdung unterliegen als im Rhein-, Bodensee- oder Donausystem: Im Neckar-/Mainsystem sind lediglich 30,2 % aller Fisch- und Neunaugenarten nicht bedroht, in den übrigen Systemen sind es 35,5 % (Rheinsystem), 39,5 % (Donausystem) und 42,5 % (Bodenseesystem).

Eine Analyse der Lebensweise der heimischen Fische und Neunaugen zeigt, dass die Mehrzahl der Arten fließende Gewässer mit unterschiedlichen Strömungsgeschwindigkeiten benötigt, außerdem braucht der Großteil zur Eiablage kiesiges Substrat. Von den 31 strömungsliebenden Arten unterliegen jedoch 81 % (26 Arten, darunter z. B. Äsche, Nase oder Strömer) einer Gefährdung und 92 % der Kieslaicher (24 von 26 Arten, wie z. B. Huchen, Seeforelle oder Meerneunauge) sind bedroht. Eine Unterteilung der Fische und Neunaugen in ihre Wanderansprüche ergab, dass nahezu alle Lang- und Mitteldistanzwanderer (14 Arten, darunter befinden sich z. B. Aal, Flussneunauge, Lachs, Maifisch oder Meerforelle) gefährdet sind.

Insgesamt hat sich die Gefährdungssituation der baden-württembergischen Fischfauna seit der letzten Roten Liste 2001 etwas entspannt: Neun Arten (Bitterling, Flussneunauge, Groppe, Lachs, Meerneunauge, Schlammpeitzger, Schneider, Steinbeißer, Strömer) konnten in mindestens einem Hauptgewässersystem in eine niedrigere und damit „bessere" Gefährdungsstufe überführt werden. Sechs Arten hingegen (Äsche, Barbe, Karausche, Nase, Rotfeder, Schleie) mussten in mindestens einem Gewässersystem in eine höhere und damit „schlechtere" Gefährdungskategorie eingestuft werden.